Burg und Herrschaft sind die Gründung eines bayrischen Grafengeschlechts, das sich in den Quellen zumeist nach seinen Hauptburgen Falkenstein und Neuburg benannt findet. Da sie nachweisbar auch zu den Vögten von Tegernsee zählten, hat man behauptet, sie hätten die Herrschaft Hernstein auf entfremdetem tegernseeischem Besitz errichtet. Tatsächlich scheint es sich, wie überall in Niederösterreich auch, um eine autogene Herrschaftsbildung zu handeln, die die Falkenstein-Neuburger wohl gegen Ende des 11. Jahrhunderts im Waldrand zwischen Piesting und Triesting vorgenommen haben.
Um 1125 wird der Falkensteiner Reginold erstmals als Genannter de Harrandistein faßbar, das, wie der Name sagt, von seinem Vater Herrand erbaut worden sein dürfte. Von besonderer Bedeutung für Hernstein wurde schließlich Graf Siboto (IV), der im Sommer 1166 den berühmten Codex Falkensteinensis anlegen ließ, der als einzig erhaltenes Urbar, Lehensverzeichnis und Traditionsbuch einer weltlichen Herrschaft für das 12. Jahrhundert eine unikale Stellung einnimt. So verfügte Hernstein damals schon über zwei Kirchen, die eine war zweigeschoßig mit je einem St.-Pankraz- und St.-Georgs-Altar. Die Ortskirche mit ihrem Laurentius-Patrozinium war mit der curia grandis in Hernstein sowie weiteren Höfen in Liesing, Etschenberg und Wopfing bestiftet.
Die Pfarre gilt wohl zutreffend als grundherrliche Gründung der Grafen. Man wird deshalb bei Hernstein so wie bei den anderen Pfarren dieses Raumes nicht an eine Abspaltung von einer quellenmäßig nirgends belegten Mutterpfarre, sondern an die autogene Entstehung des Sprengels in einem von der Pfarrorganisation noch nicht erfaßten Raum zu denken haben. Im Falkensteiner Codex wird auch ein Hilfspriester erwähnt. Das wiederum läßt schließen, daß der Pfarrsprengel von Hernstein ursprünglich großräumiger war und etwa auch den der späteren Pfarre Grillenberg umfaßte, deren Gründungsdatum eine willkürliche und wenig wahrscheinliche Annahme ist.
Die Präsenz der Grafen Falkenstein-Neuburg in Hernstein währte bis in die vierziger Jahre des 13. Jahrhunderts. Sie ließen sich damals auf eine Auseinandersetzung mit den bairischen Herzögen ein, die sie um ihre gesamte Machtposition bringen sollte. Als einziger Ausweg blieb Graf Kuno schließlich nur mehr der Verkauf seiner beweglichen und unbeweglichen Habe in Österreich und Baiern an das Hochstift Freisingm wobei er sich den lebenslangen Nutzgenuß vorbehielt. Die Herrschaft Hernstein scheint so zunächst an Freising gekommen zu sein; die 1263 erwähnten Wolfkerus de Herrantstain und Pernhardus de Herrantstain sind ohne Zweifel Gefolgsleute des Bischofs. Aus dieser Zeit haben wir auch die erste und einzige Baunachricht von der Burg: Das landesfürstliche Urbar aus der Zeit Ottokars zählt Hernstein unter jene Burgen.
Wenig später, um 1265, sollte Freising die Herrschaft für immer verlieren. Graf Kunos Schwester Adelheid war mit Heinrich II. von Kuenring verehelicht. Ihre gemeinsame Tochter Euphemia erhob nach dem Tod ihres Onkels (+ 1260) Anspruch auf die Herrschaft, besetzte mit ihren Gefolgsleuten die Burg, verjagte den Pfarrer und Pfleger, nahm die Dienstleute in Eid und Pflicht und schuf damit zunächst vollendete Tatsachen. Der aus diesem Vorgehen entstandene Prozeß ist in der rechtsgeschichtlichen Literatur berühmt und machte dadurch den Namen Hernstein gewissermaßen "international" bekannt.
Freising hat der scheinbar so wohl begründete Rechtsanspruch nichts genützt, denn die Nachkommen Euphemias konnten sich im Besitz der Herrschaft behaupten. 1380 verkaufte nämlich Konrad von Pottendorf Herzog Albrecht III. den Besitz um die beachtliche Summe von über 3.000 Pfund Pfennig. Burg und Herrschaft wurden von da an von landesfürstlichen Pflegern verwaltet bzw. an verschiedene österreichische Ständemitglieder verpachtet. Hernstein besaß 1267 ein Landgericht, als dessen Sprengel man wohl die Herrschaftsgrenzen wird ansehen müssen. Zum Beginn des 16. Jahrhunderts wurde Hernstein unter der Pfandschaft des Leonhard Rauber von Plankenstein mit der Herrschaft Starhemberg zuzammengezogen und 1515 für beide ein gemeinsames Urbar angelegt. 1577 gelang dem Freiherrn Hans von Heußenstein der Kauf der Doppelherrschaft, die bis gegen Ende des 18. Jahrhunderts in der Hand seiner Familie verblieb.
Zwischen 1727/30 baute dann allerdings Graf Karl Joseph den Meierhof in Hernstein zum sogenannten "Hofhaus" oder "neuem Schloß" um, was dazu führte, daß die Herrschaftverwaltung wieder vermehrt auf Hernstein überging und schließlich seit 1766 die Herrschaftskanzlei auf Dauer dort installiert wurde. In den ersten Jahrzehnten des 19. Jahrhunderts war Heinrich Freiherr Müller Herrschaftsinhaber. Seine Söhne gerieten jedoch in wirtschaftliche Schwierigkeiten und mußten schließlich Hernstein mit dem Starhemberg-Piestinger Anteil 1831 an Erzherzog Rainer verkaufen. Dieser machte Hernstein zum Verwaltungsmittelpunkt seiner übrigen in der sogenannten "Neuen Welt" erworbenen Herrschaften Gerasdorf, Emmerberg und Fischau.
1853 folgte Rainer sein Sohn Erzherzog Leopold, der den Bau des neuen Schlosses anordnete. 1856 begann man mit dem Umbau des Schlosses nach Plänen von Theophil Hansen. Der Umbau dauerte 28 Jahre und kostete 2 Millionen Gulden. Aus dem bestehenden alten Schloßgebäude wurde das heutige Schloß Hernstein, das sich im Stil englischer Gotik präsentiert. Als 1898 Ludwig starb, folgte sein Bruder Rainer als Besitzer. Von ihm ging das Schloß 1913 auf seinen Großneffen Leopold Salvator über und 1931 an dessen Söhne Anton, Franz Josef und Carlos. 1943 wurden Schloß und Park der "Ersten Österreichischen Sparkasse" verkauft. Am 1. Jänner 1963 ging der Besitz in das Eigentum der "Wirtschaftskammer Wien" über, die das Schloß renovierte und als "Hernstein-Institut" ausbaute.
